identifikasi farmakofor


Identifikasi farmakofor
Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon  biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.

Definisi resmi dari IUPAC, 1998:

"Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan struktur target biologis yang spesifik  dan untuk memicu (atau menghambat respons biologisnya". Jika suatu obat memiliki identitas farmakofor yang sama maka mekanisme kerjanya juga akan sama.

Fungsi Farmakofor :
  1. Mengetahui gugus penting yang berikatan dengan reseptor
  2. Mengetahui posisi 3 dimensi dari suatu molekul
  3. Untuk mengetahui konformasi aktif
  4. Penting untuk merancang atau mendesign obat
  5. Penting untuk menemukan suatu obat baru
Ada beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu molekul yaitu : 

Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
Ikatan hidrogen adalah ikatan antarmolekul yang mempunyai atom H dengan atom lain yang lebih elektronegatif (O, F atau N). Adanya ikatan hidrogen menyebabkan titik didih molekul/larutannya lebih besar dari molekul/larutan unsur lain yang segolongan.
Contoh : ikatan H dan O pada molekul air, asam asetat dan etanol.

Ikatan Van der walls.
Ikatan ini dapat terjadi akibat gaya tarik menarik antar molekul-molekul yang sifatnya sangat lemah. Hal ini dapat terjadi karena adanya perbedaan dipol (kutub-kutub listrik). Ikatan ini dapat terjadi pada molekul polar dan polar, molekul non polar dan polar, serta molekul nonpolar dan non polar. 
Contohnya terdapat pada molekul uap air.

Ikatan Ion. 
Ikatan ion merupakan suatu ikatan yang terjadi pada atom yang memiliki muatan yang besarnya sama tapi mempunyai muatan yang berlawanan tanda. Ikatan ion terbentuk sebagai akibat adanya gaya tarik menarik antara ion positif dan ion negatif. Ion positif terbentuk karena unsur logam melepaskan elektronnya, sedangkan pada ion negatif terbentuk karena unsur nonlogam menerima elektron.

Ikatan ion terjadi karena adanya serah terima elektron. Atom-atom membentuk suatu ikatan ion karena masing-masing atom ingin mencapai keseimbangan/kestabilan seperti struktur elektron gas mulia.

Konformasi Aktif.
Konformasi adalah suatu penataan ruang tertentu dari atom – atom dalam molekul. Konformasi aktif diadopsi dari suatu obat. Identifikasi konformasi aktif berguna untuk mengkonformasi 3 dimensi dari suatu molekul. Konformasi aktif yang stabil menjadi suatu harapan. 
Referensi :
https://id.wikipedia.org/wiki/Ikatan_hidrogen
http://kreatifitasbelajar.blogspot.co.id/2013/05/bismut.html
http://www.gurupendidikan.co.id/ikatan-ion-pengertian-ciri-dan-syarat-terjadinya-beserta-contohnya-lengkap/

Pertanyaan :
  1. Bagaimana cara untuk melihat konformasi aktif dari suatu molekul ?
  2. Apakah yang mendasari perbedaan ikatan antara ikatan hidorogen, ikatan van der walls dan ikatan ion ?
  3. Bagaimana cara melakukan identifikasi farmakofor dari suatu senyawa obat ?
  4. Bagaimana penjelasan masing-masing fungsi dari identifikasi farmakofor ?
  5. Apakah obat yang memiliki mekanisme kerja yang sama juga memiliki identitas farmakor yang sama ?

Comments

  1. Lea PusvitaDecember 1, 2018 at 7:58 AM


    nmr 6
    mnrt saya jika farmakopor nya sama kemungkinan besar sama krg lebih mekanisme obatnya sama

    ReplyDelete
  2. UnknownDecember 1, 2018 at 8:09 AM

    Jawaban no. 3
    1.    Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.

    2.  Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.

    3.    Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.

    4.     Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.

    5.   Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.

    ReplyDelete
  3. UnknownDecember 1, 2018 at 8:15 AM

    Jawaban no. 2
    Ikatan kimia yang terbentuk akibat gaya tarik menarik antara ion positif (kation) dengan ion negatif (anion) disebut sebagai ikatan ion.
    Ikatan kovalen adalah ikatan yang terjadi karena pemakaian pasangan elektron secara bersama oleh dua atom yang belikatan.
    Gaya Van Der Waals terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (GayaLondon), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polardengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). 

    ReplyDelete
  4. cindy kartikaDecember 1, 2018 at 8:36 AM

    Saya akan mncoba mnjwab prtnyaan nmor 5,
    Mnrut saya apabila efek obat ya sma maka farmakopornya jga sama
    Terimakasih

    ReplyDelete
  5. UnknownDecember 1, 2018 at 8:44 AM

    no 2 : Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
    Ikatan hidrogen adalah ikatan antarmolekul yang mempunyai atom H dengan atom lain yang lebih elektronegatif (O, F atau N). Adanya ikatan hidrogen menyebabkan titik didih molekul/larutannya lebih besar dari molekul/larutan unsur lain yang segolongan.
    Contoh : ikatan H dan O pada molekul air, asam asetat dan etanol.

    Ikatan Van der walls.
    Ikatan ini dapat terjadi akibat gaya tarik menarik antar molekul-molekul yang sifatnya sangat lemah. Hal ini dapat terjadi karena adanya perbedaan dipol (kutub-kutub listrik). Ikatan ini dapat terjadi pada molekul polar dan polar, molekul non polar dan polar, serta molekul nonpolar dan non polar.
    Contohnya terdapat pada molekul uap air.

    Ikatan Ion.
    Ikatan ion merupakan suatu ikatan yang terjadi pada atom yang memiliki muatan yang besarnya sama tapi mempunyai muatan yang berlawanan tanda. Ikatan ion terbentuk sebagai akibat adanya gaya tarik menarik antara ion positif dan ion negatif. Ion positif terbentuk karena unsur logam melepaskan elektronnya, sedangkan pada ion negatif terbentuk karena unsur nonlogam menerima elektron.

    ReplyDelete
  6. Audia RenopaDecember 1, 2018 at 8:57 AM

    hai kak... artikelnya sangat menambah pengetahuan saya, terimakasih :)

    ReplyDelete
  7. HALIMAH TUSSAKDIAHDecember 1, 2018 at 9:22 AM

    Haii kak, disini saya akan membantu menjawab Jawaban no. 2
    Ikatan kimia yang terbentuk akibat gaya tarik menarik antara ion positif (kation) dengan ion negatif (anion) disebut sebagai ikatan ion.
    Ikatan kovalen adalah ikatan yang terjadi karena pemakaian pasangan elektron secara bersama oleh dua atom yang belikatan.
    Gaya Van Der Waals terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (GayaLondon), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polardengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi).

    ReplyDelete
  8. Widya HerruDecember 1, 2018 at 10:36 AM

    Hi Kak ai. Artikel yang sangat bermanfaat. Terimakasih :)

    ReplyDelete
  9. Aziz_dinataDecember 1, 2018 at 10:39 AM

    Hai kak ai, pemaparan. Yang sangat baik dan membantu dalam pembelajaran. Terimakasih

    ReplyDelete
  10. Putri ZulfaDecember 1, 2018 at 10:59 AM

    Saya akan jwab nmor 3
    1. Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.

    2. Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.

    3. Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.

    4. Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.

    5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.

    ReplyDelete
  11. auroradwimitraDecember 1, 2018 at 11:16 AM

    Hi Kak ai. Artikel yang sangat bermanfaat. Terimakasih :)

    ReplyDelete
  12. Hefiza HanitaDecember 1, 2018 at 11:28 AM

    Hay kak artikel ini lengkap.. terimakasih ya

    ReplyDelete
  13. MegaDecember 1, 2018 at 2:44 PM

    Haii kak, bantu jawab nomor 3 ya, menurut mega cara Identifikasi farmakofor
    · Menentukan posisi 3D obat dengan target
    · Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
    · Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
    · Penting sebagai dasar merancang obat
    · Penting dalam hal menemukan obat baru
    Sekian.,

    ReplyDelete
  14. Aikurniati59@gmaol.comDecember 1, 2018 at 3:47 PM


    Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.

    2. Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.

    3. Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.

    4. Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.

    5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.

    ReplyDelete
  15. KharinafarmDecember 1, 2018 at 3:56 PM

    Farmakopor sangat mudah diidentifikasi secara virtual

    ReplyDelete
  16. Anggun Sri MulyaniDecember 1, 2018 at 4:05 PM

    hallo kak, mnurut saya prtnyaan no nmr 6 jika farmakopor nya sama kemungkinan besar sama krg lebih mekanisme obatnya sama

    ReplyDelete
  17. Fitri kurniawatiDecember 1, 2018 at 5:11 PM

    This comment has been removed by the author.

    ReplyDelete
  18. Fitri kurniawatiDecember 1, 2018 at 5:15 PM

    Hai ai, terima kasih atas materi ny, mau nnya farmakofor itu digunakan untuk apa?

    ReplyDelete
  19. Bilia ayu septianiDecember 2, 2018 at 4:26 AM

    Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.

    2. Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.

    3. Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.

    4. Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.

    5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.

    ReplyDelete

Post a Comment

Popular posts from this blog

peptida dan polipeptida kimed

Peptida    merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih asam amino . Jika jumlah asam amino masih di bawah 50 molekul disebut peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein . Asam amino saling berikatan dengan ikatan peptida. Ikatan peptida terjadi jika atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus karboksil dari asam amino lain. Peptida terdapat pada setiap makhluk hidup dan berperan pada beberapa aktivitas biokimia . Peptida dapat berupa enzim , hormon , antibiotik , dan reseptor . [1] Sintesis peptida dilakukan dengan menggabungkan gugus karboksil salah satu asam amino dengan gugus amina dari asam amino yang lain. Sintesis peptida dimulai dari C-terminus (gugus karboksil) ke N-terminus (gugus amin), seperti yang terjadi secara alami pada organisme. Namun, untuk mensintesis peptida, tidak semudah mencampurkan asam amino begitu saja. Seperti contohnya: mencampurkan glutamine (E) dan serine (S) dapat menghasilkan E-S,...
Read more

asteroklorosis dan hiperlipedemia

Aterosklerosis           adalah penyempitan dan penebalan arteri karena penumpukan plak pada dinding arteri. Penumpukan plak tersebut terjadi saat lapisan sel pada dinding dalam arteri (endothelium) yang bertugas menjaga kelancaran aliran darah mengalami kerusakan. Plak yang menyebabkan aterosklerosis terdiri dari kolesterol, zat lemak, kalsium, dan fibrin (zat dalam darah).  Plak dapat terbawa aliran darah hingga menyebabkan penyumbatan, atau membentuk bekuan darah pada permukaan plak. Hal tersebut menyebabkan peredaran darah dan oksigen dari arteri ke organ tubuh terhambat. Meski digolongkan sebagai gangguan jantung, aterosklerosis sebenarnya dapat terjadi pada arteri di bagian tubuh mana pun, seperti otak, ginjal, atau kaki, serta dapat memicu masalah kesehatan di bagian-bagian tersebut. Terjadinya aterosklerosis bisa berawal sejak masa anak-anak dan berkembang terus secara perlahan. Gejala membahayakan baru muncul ketika usia pe...
Read more