RAPID

 RAPID: Randomized pharmacophore identification for drug design

Farmakofor merupakan posisi geometric tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivitas reseptor tersebut (Thomas,2007).

Farmakofor atau pharmacophore adalah konfigurasi spasial fitur penting yang memungkinkan molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target tertentu,dimana engan tidak adanya struktur reseptor dikenal, farmakofor dapat didefinisikan dari suatu ligan yang telah diamati untuk berinteraksi dengan reseptor sasaran. Sebuah farmakofor didefinisikan sebagai susunan 3D fitur yang sangat penting untuk molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target dalam situs pengikatan tertentu, setelah didefinisikan, farmakofor dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual, terutama dalam kasus Diana struktur 3D ddari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku (Dror,et al,2010).

Rapid application development (RAD) adalah salah satu metode pengembangan suatu system informasi dengan waktu yang relatif singkat.untuk pengembangan suatu system informasi yang normal membutuhkan waktu minimal 180 hari,akan tetapi dengan menggunakan metode RAD suatu system dapat diselesaikan hanya 30-90 hari.

Tahapan-tahapan pada RAD

Metode RAD mempunyai  beberapa tahapan yaitu:

1.Rencana kebutuhan (requirement planning)

2. proses design (design workshop)

3.implementasi

4. tahapan keseluruhan

Kondisi-kondisi yang mempengaruhi RAD

1.kondisi penunjang

Beberapa kondisi yang dapat menunjang keberhasilan RAD sebagai berikut:

- system berjalan sendiri

-kinerja dari system bukan factor terpenting

- distribusi produk yang bersifat sempit

-ruang lingkup yang terbatas

- kehandalan dari system bukan factor terpenting

-membutuhkan teknologi yang tidak terlalu baru

- system dapat dipecah-pecah menjadi bagian-bagian yang lebih kecil

2.kondisi penghambat

          Beberapa kondisi yang dapat menghambat keberhasilan RAD sebgai berikut:

-sistem harus berjalan secara bersamaan dengan system yang lama

-komponen-komponen penunjang sangat langka untuk didapatkan

-kinerja yg optimal merupakan factor terpenting

- distribusi  produk yang bersifat luas

- system yang tidak dapat di pecah-pecah jadi bagian yang lebih kecil

Keuntungan dan kerugian RAD

Keuntungan

-menghemat biaya

-proses pengiriman lebih mudah

- mudah diamati karena menggunakan model prototype, sehingga user lebih mengerti akan system yang dikembangkan

-bisa mengurangi penulisan kode

-mampu meminimalkan kesalahan-kesalahan dengan menggunakan alat- alat bantuan (case tools)

- mempercepat waktu pengembangan

Kerugian

-Membutuhkan biaya sendiri untuk membeli peralatan- peralatan penunjang

-kesulitan melakukan pengukuran mengenai kemajuan proses

-sistem sulit diaplikasi ditempat lain

Gambaran RAPID dan pekerjaan terkait

RAPID mencoba mengidentifikasi invariants geometrik di antara kumpulan ligan kecil seperti molekul yang ditunjukkan pada Gambar 1

Molekul ini disebut 1TMN dan merupakan inhibitor thermolysin. Gambar. L (a) menunjukkan model pengisian ruang 1TMN, dengan menggambar bola Van der Walls [4] di sekitar setiap pusat atom. Gambar. L (b) menunjukkan model tongkat yang sesuai di mana hanya ikatan kimia yang ditarik. Derajat kebebasan ligan meliputi panjang ikatan, sudut ikatan (sudut antara dua ikatan berurutan), dan sudut dihedral atau torsional (sudut yang dibentuk oleh pertama dan ketiga dari tiga ikatan berurutan, dilihat sepanjang sumbu ikatan kedua). Dalam praktiknya, hanya derajat kebebasan torsional yang dipertimbangkan karena ini adalah yang menunjukkan variasi besar dalam nilainya. Gambar. 1 (c) menunjukkan konformasi ITMN dari Gambar. L (a) sebagai satu set poin dalam • 3. Titik-titik ini dapat mewakili pusat atom atau kelompok atom yang diagregasi ke satu titik yang memiliki fitur yang sama untuk semua atom ini (misalnya, cincin benzena kaku).

Gambar. Mengisi-ruang, (b) menempel dan (c) set-of-features model 1TMN.1

Dalam RAPID, identifikasi invariants geometrik dalam kumpulan ligan fleksibel dilambangkan dengan M = {Ml, M2, ..., MN} diperlakukan sebagai proses dua tahap mengatasi dua masalah berikut:

1. pencarian konformasi

Mengingat koleksi ligan M = {M1, M2, ..., MN}, derajat kebebasan untuk masing-masing, dan fungsi energi E, temukan untuk setiap Mi, serangkaian konformasi C (Mi): {Cil , Ci2, . . , Ciki}, sehingga E (Cij) ~ THRESHOLD dan d (Cij, Cil)> TOLERANCE untuk l ¢ j dan 1 ~ <j, 1 ~ <ki, di mana THRESHOLD dan TOLERANCE adalah nilai yang telah ditentukan sebelumnya dan d (-, -) adalah fungsi jarak.

2. Identifikasi invariant

Mengingat koleksi ligan M = {M1, M2, ..., MN} di mana setiap M ~ i memiliki serangkaian konformasi C (Mi) = {Cil, Ci2, ..., Cik ~}, tentukan satu set berlabel titik S dalam R 3 dengan bahwa untuk semua i E {1, ..., N}, ada beberapa Cij c C (Mi) sehingga S adalah kongruen untuk beberapa bagian dari Cij. Suatu larutan S, jika ada, disebut invarian M.

DAFTAR PUSTAKA

Dror, O., Scneidman- Duhovnv, D., Inbar Y et al. 2009. A Novel Approach for Efficient Pharmacophore based virtual screening:Method and Application. J Chem Inf Model: 49(10):2333-2343.

Thomas, E, et al.2007. Identification anfd preiiminary struktur activity relationship.Journal Of Natural product vol 7(8):1278-1282.

Pertanyaan

1.Mengapa farmakopor dapat didefinisikan sebagai susunan 3D?

2.Mengapa metode rapid baik digunakan untuk mengidentifikasi farmakofor?

3.Sebutkan 2 metode untuk mengidentifikasi suatu masalah?